Het beheer van Nationaal Park De Maasduinen is er op gericht de natuurwaarden van het gebied duurzaam veilig te stellen en verder te ontwikkelen. Tevens streeft men via 'brongerichte' beheersmaatregelen naar het aanpakken van milieuvervuiling aan de bron. Met 'effectgerichte' maatregelen wil men de gevolgen van de vervuiling van buitenaf tegengaan.
Heidevelden hebben een speciaal beheer nodig. Plaggen, maaien, branden en begrazing zijn daarvoor de mogelijkheden. Deze beheersvormen zijn gericht op het voedselarm maken en houden van de bodem. Als er te veel voedingsstoffen in de lucht en bodem zitten, wordt heide verdrongen door andere planten, zoals pijpestrootje en braamstruiken. Plaggen is een belangrijke 'effectgerichte' maatregel. Met plaggen worden, met de bovenste laag van de bodem, de meeste voedingsstoffen in een keer verwijderd. De resultaten van het plaggen zijn zeer hoopgevend. Door het plaggen is een goede uitgangssituatie ontstaan. Daarna moet de heide echter voedselarm worden gehouden. Dit gebeurt door begrazing met schapen, runderen en geiten. De huidige beheersmethoden zijn in feite dezelfde methoden als die de boeren vroeger toepasten. De schapen waren tot het begin van deze eeuw namelijk een onmisbaar onderdeel van het boerenbedrijf. De akkers werden volgens het potstalsysteem vruchtbaar gemaakt met de mest van schapen die overdag op de heide rondliepen en die, al grazend, de heide in conditie hielden.
In de bossen van het nationaal park ligt het accent op de natuurlijke ontwikkeling. Door de aanwezigheid van dood hout en door natuurlijke verjonging worden de natuurwaarden vergroot. Het oogsten van hout gebeurt zodanig dat de levensgemeenschap niet ingrijpend wordt aangetast. Het natuurlijke (loof)bos is afwisselender en kleuriger dan een naaldbos en er is meer plantengroei op de bodem mogelijk. Het biedt een goed leefmilieu aan meer gebiedseigen diersoorten zoals zangvogels, insecten, vlinders en kleine zoogdieren.
De talrijk in het gebied aanwezige vennen worden door regen en kwelwater uit de omgeving gevoed. Het water is voedselarm en mede daardoor kan er vaak hoogveen tot ontwikkeling komen. Op het reeds ontwikkelde hoogveen zijn veenbes en lavendelheide gaan groeien. Door ontginning zijn veel vennen drooggelegd. Daarnaast zijn vennen door bosontwikkeling en ontwatering van de omgeving (landbouwgrond) soms verdroogd. In De Maasduinen wordt hard gewerkt aan venherstel. Tot landbouwgrond ontgonnen vennen worden weer vernat en voedselarm gemaakt; de ontwatering van het gebied en omgeving wordt zoveel mogelijk beperkt. Grootste herstelprojecten zijn bijvoorbeeld het Driessenven (Bergerheide) en het Heerenven (Landgoed de Hamert).
